Очень долго искал решение, пока не дошло погуглить на английском :)

Проблема в том, что при открытии php файлов, каждый новый файл запускал новую копию редактора BlueFish, что ну вообще неудобно.

Для того, чтобы все фалы открывались в одной копии редактора нужно войти “правка->настройки->файлы” и снять галку с пункта “открывать заданные в командной строке файлы в новом окне Bluefish”.

Все гениальное просто =)