После перехода на линукс, я установил и настроил XAMPP, но при попытке выполнить любой INSERT или удалить таблицу получал ошибки, мол, таблица только для чтения.

#1006 - Can't create database 'mydb' (errno: 13)

Как оказалось, причина была в том, что при переносе баз данных, я просто скопировал все базы руками из денвера и вставил в папку с базами XAMPP, результат – права выставлены не верно, решение:

sudo chown -R nobody:root  /media/server/lampp/var/mysql/

тем самым выставляем нужного владельца на все вложенные папки, и проблема решена.