Было пару раз. Ситуация: после установки кубунты, она почему то решила, что мне нужно установить только русский язык, потом в системе добавляю английский, не проблема, и замечаю, что никакие комбинации клавиш не работают. Вообще. Ни тебе скопировать, ни тебе вставить..

Решение простое: входим в параметры раскладок, и перемещаем английский язык выше русского.