Это предупреждение выскакивало при запуске практически всего через консоль. Гугль сказал, что это просто предупреждение, но я все равно желал от него избавиться, тем более, что, мне казалось, эти варнинги тормозят запуск приложений.

Итак – решение:

найти в домашней папке файл .fonts.conf и перенести его ~/.config/fontconfig/fonts.conf 

После этой операции в вашей домашней папке не должно оставаться файла .fonts.conf